Le fontane costruite nel Cinquecento hanno caratteristiche molto diverse da quelle dei secoli precedenti, da un punto di vista architettonico e di collocazione interna allo spazio urbano. Se le fontane medievali erano costruite lungo la via e inserite sotto le arcate degli edifici, quelle cinquecentesche furono aggiunte ad un contesto urbano già consolidato e dovettero essere adattate ai luoghi circostanti.
Così la fontana di S. Pancrazio, disegnata nel 1549 da Pietro e Leonardo Isabello, fu posizionata al centro di una piazza che aveva già una propria identità geometrica. Anche per questo, la sua base ne rievoca la forma quadrata e regolare.
